Boris Becker è stato sposato due volte. Il primo matrimonio è del 1993, con la modella Barbara Feltus Pabst. I due si sono lasciati nel 1999, per un tradimento del tennista. Così lei si è trasferita in Florida con i due figli Noah e Elias quando ha scoperto che il marito aspettava un figlio da un’altra donna (Angela Ermakova). Nel 2001 il divorzio tra Becker e Barbara. Come detto Becker ha una figlia, Anna Ermakova, nata dalla storia di una notte con la modella tedesca Angela Ermakova: inizialmente non era stata riconosciuta dal padre. Becker poi venne smascherato dalle analisi del Dna nel 2001 e nel 2007 il campione ne ottenne l’affido condiviso. La nuova paternità gli costò la fine del matrimonio con la prima moglie Barbara, da cui aveva avuto altri due figli, appunto Noah e Elias Balthasar.

Nel 2000 quando il suo matrimonio con Barbara era ormai alla fine. Per un breve periodo è stato legato a Sabrina Setlur.

Nel 2005 inizia a far coppia con la modella olandese Lilly Kerssenberg, che sposa quattro anni più tardi. Hanno avuto un figlio, Amadeus Benedict Edley Luis, e si sono separati nel 2018.

Il tennista ha dichiarato di essere vegetariano e, nel 1991, ha raccontato di aver tentato il suicidio per poi cambiare idea. Becker è anche un buon giocatore di scacchi e il 15 marzo del 2000 ha giocato una partita contro il campione del mondo Garri Kasparov via Internet.

Nel 2017, un tribunale britannico, dopo la richiesta di una banca privata, ha dichiarato il fallimento di Becker. Nel 2022 il tennista è stato condannato da un tribunale inglese a 30 mesi di reclusione, metà dei quali da trascorrere in carcere, per bancarotta fraudolenta. In realtà ha scontato in prigione solo 8 mesi, avendo beneficiato di uno schema fast-track, con l’estradizione nel paese d’origine, la Germania, dove può scontare in libertà il tempo rimanente della pena, ma senza poter fare ritorno nel Regno Unito fino al 2024. Nel 2023 il documentarista Premio Oscar Alex Gibney ha realizzato una docuserie in due parti dedicata al campione di tennis tedesco, “The World vs. Boris Becker“, che ha debuttato al Berlino Film Festival.