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Covid, ritrovate 13 sequenze cancellate dai primi studi sul coronavirus

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Secondo lo studio del ricercatore americano Jesse Bloom, del Fred Hutchinson Cancer Research Center, alcune delle prime sequenze del Covid studiate in Cina sono state rimosse deliberatamente dal National Institutes of Health (NIH) americano, che contiene il Sequence Read Archive, piattaforma dove gli scienziati di tutto il mondo depositano dati di sequenziamento. Nel suo studio, Bloom sembra essere riuscito a recuperarne 13 su 240.

Lo studio di Jesse Bloom è stato pubblicato su Biorxiv, un sito che contiene studi non ancora vagliati dalla comunità scientifica e quindi non ancora pubblicati in nessuna rivista. Per quanto quindi interessante la ricerca deve essere presa con cautela per il momento in quanto non ancora verificata.

ABSTRACT DELLA RICERCA:

L’origine e la prima diffusione del SARS-CoV-2 rimane avvolto nel mistero. Qui io identifico un data set contenente sequenze del SARS-CoV-2 dagli inizi della epidemia a Wuhan che sono stati cancellati dal Sequence Read Archive del NIH. Ho recuperato i file cancellati dal Cloud Google e ricostruito delle sequenze parziali di 13 virus epidemici iniziali. L’analisi filogenetica di queste sequenze nel contesto dei dati esistenti annotati con cura, suggerisce che le sequenze del mercato del pesce di Wuhan su cui si è concentrato il report dell’OMS e della Cina non sono totalmente rappresentativi dei virus a Wuhan agli inizi dell’epidemia. Invece, il progenitore delle sequenze conosciute di SARS-CoV-2 contiene 3 mutazioni relative ai virus del mercato che lo hanno reso più simile al SARS-CoV-2 dei pipistrelli.

La ricerca di Jesse Bloom si concentra sulle origini della pandemia di Covid. Le sequenze genetiche sono infatti molto importanti per capire l’evoluzione della malattia e capire il passaggio del coronavirus agli umani. Nel corso del suo studio Bloom avrebbe trovato informazioni in un articolo della rivista PeerJ a riguardo di 240 sequenze genetiche ritrovate dai ricercatori dell’Università di Wuhan, ma una volta cercato nell’archivio del SRA non c’era più traccia di quelle sequenze. Bloom ha quindi ricostruito che i dati cancellati fossero riferiti a delle analisi di 45 tamponi effettuati nelle prime fasi della pandemia. Grazie a delle funzioni di storage di Google Cloud è riuscito quindi a ricostruire 13 delle 240 sequenze scomparse.

Dallo studio delle sequenze sembra venire meno l’ipotesi che vuole il mercato di Wuhan come epicentro dell’epidemia da Covid. Le sequenze recuperate da Bloom sono prive di alcune mutazioni recuperate nelle analisi dei campioni che provenivano dal mercato di Wuhan. Scrive infatti Bloom:

“Tutti concordano che gli antenati del SARS-CoV-2 siano i coronavirus dei pipistrelli. Pertanto, ci aspetteremmo che le prime sequenze siano più simili ai coronavirus dei pipistrelli e che queste, col passare del tempo (dato che il virus si evolve), diventino man mano più divergenti da questi antenati. Invece, i primi virus provenienti dal mercato ittico di Wuhan sono maggiormente diversi dai coronavirus dei pipistrelli rispetto ai virus raccolti successivamente in Cina e persino in altri Paesi del mondo”.

Rimangono quindi dubbi sulle motivazioni che hanno portato alla cancellazione dei dati da parte dei ricercatori cinesi, da cui lo studioso americano non ha ricevuto risposta.

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