L’ex moglie di Noah Wyle è la truccatrice Tracy Warbin, sposata nel 2000 e da cui ha divorziato nel 2009. Dalla loro unione sono nati due figli: Owen Strausser Speer (2002) e Auden (2005)
Secondo quanto riferito, l’ex coppia si è separata nel 2009, quando si è saputo che vivevano separati e stavano avviando un processo di mediazione. Il divorzio è stato finalizzato nel 2010.
In un’intervista nel 2012, Wyle ha confessato che quello è stato il periodo più difficile della sua vita. Ha detto: “Tutti noi attraversiamo la vita raccontandoci certi miti su noi stessi. ‘Non sono il tipo di persona che farebbe mai questo, o farebbe mai quello. Non credo di essere capace di questo. Non credo di essere capace di quello.’ E quando quel mito incontra la realtà e non è più sostenibile, [si] deve prendere un martello e distruggerlo, poi setacciare i pezzi e capire: ‘Ok, che tipo di persona sei? Di cosa sei capace?’ È un processo molto serio, analitico e doloroso. Ma in definitiva positivo.”
