Margot Betti Frank era nata a Francoforte sul Meno, città d’origine del padre Otto, nel 1926. Trascorse alcuni anni in Germania, fino a quando l’ascesa al potere di Hitler e le persecuzioni verso gli ebrei resero necessaria la fuga di tutta la famiglia. Il padre Otto aveva ad Amsterdam una fabbrica, la “Opekta”, che produceva composti per fare la marmellata, così si trasferì lì per preparare l’arrivo della moglie Edith e delle figlie, nel frattempo rimaste ad Aquisgrana, città natale della mamma di Margot e Anna, nata nel 1929.
Margot e sua madre raggiunsero Otto ad Amsterdam alla fine del 1933, seguite qualche mese dopo da Anna. Otto era convinto che i nazisti non avrebbero invaso i Paesi Bassi e credeva di aver trovato un rifugio sicuro nella città di Amsterdam: non sarà così, come ben sappiamo.
Margot iniziò a frequentare la scuola e imparò l’olandese, come dovette fare Anne, che prima del trasferimento non conoscevano.

Come si legge nel Diario, Margot e Anna Frank erano molto diverse. Da sempre Margot era più affezionata alla madre, mentre Anna lo era al padre. Margot era calma, riflessiva, dedita allo studio. Era un’ebrea osservante, frequentava la sinagoga, studiava i testi sacri. Anne era vivace, a volte poco diligente a scuola, non le interessava molto seguire attivamente la religione.
Nonostante le differenze le sorelle furono sempre unite, anche quando furono costrette a rifugiarsi in quello che Anne chiamò L’alloggio segreto, un appartamento sopra gli uffici della fabbrica del padre.
Inizialmente si nascosero solo i Frank, poi si aggiunse un’altra famiglia, i van Pels (che Anne, che aveva cambiato i nomi in vista di una pubblicazione del Diario dopo la guerra, chiama Van Daan) e il dentista Pfeffer, che Anne chiama Dussel. Con i Van Pels c’è Peter, un ragazzo della stessa età di Margot. Inizialmente, anche per i caratteri simili-Peter era molto timido – il ragazzo si avvicina a Margot, ma poi viene attratto dalla vivacità di Anne. Nel Diario Anne ne parla, dicendosi dispiaciuta per la sorella che resta così sola ed esclusa, ma poi l’amicizia con Peter, man mano che il tempo passa, pare trasformarsi in amore.

Mentre Anna, nel rifugio, scriveva e pensava che dopo la guerra sarebbe diventata scrittrice o giornalista, Margot voleva, per il futuro, stabilirsi in quello che sarebbe diventato lo Stato di Israele, per fare la levatrice.
Nell’agosto del 1944, i Frank e tutti gli altri rifugiati vengono scoperti e inviati nei campi di concentramento. Vengono man mano divisi, le sorelle dovranno dire addio alla madre ad Auschwitz, deportate a Bergen Belsen. Restarono insieme fino alla fine ed entrambe morirono di tifo.
Non si conosce la data esatta della morte, tra febbraio e marzo del 1945. Prima morì Margot, seguita solo qualche giorno dopo da Anna. A Bergen Belsen una lapide le ricorda entrambe.